Needs :

Last API iText 2.1.5 :
http://prdownloads.sourceforge.net/itext/iText-2.1.5.jar

Last API Bouncy Castle :
http://www.bouncycastle.org/latest_releases.html

- bcprov-jdk14-138.jar

Use method setKeyStoreType for set specific KeyStore.

Example, sign and/or certify a PDF :

        try
        {
            // instance object PDFDigitalSign... with default keystore!
            PDFDigitalSign digital_sign = new PDFDigitalSign("D:\\keystore2.ks", "xxxx", "D:\\ouput3.pdf", null, "D:\\ouput3_certfied.pdf");
           
            //digital_sign.setKeyStoreType(String _type);
           
            // for visible digital signature
            //digital_sign.setReason("JServlet.com");
            //digital_sign.setLocation("WWW, Planet Earth");
            //digital_sign.setVisible(true);
           
            // certified pdf
            digital_sign.setCertified(true);
           
            // signed pdf if needed
            digital_sign.sign();
           
            System.out.println("done!");
        }
        catch (Exception e)
        {
            System.out.println("Error PDFDigitalSign : " + e);
            e.printStackTrace();
        }
        finally
        {
            System.exit(0);
        }

Source : PDFDigitalSign.java